1897年,德国强占胶州湾后,兴建海港码头,开展检疫工作。
1899年,德国在胶州湾成立胶澳海关,设有专职医官,兼任港口检疫医官。
1904年,在检疫码头设立胶澳海关检疫所。
1917年,烟台东海关对进境船舶实施卫生检疫。
1926年,青岛港公布《胶州港口检疫与卫生章程》。
1946年5月,伪青岛市海务局检疫科改称“中央卫生署青岛海港检疫所”,办公地点在今青岛市德县路9号。
1950年4月29日,青岛海港检疫所更名为青岛交通检疫所。
1954年,青岛交通检疫所定名为中华人民共和国青岛卫生检疫所,由山东省卫生厅领导。
1957年,《中华人民共和国国境卫生检疫条例》颁发。
1958年,山东省人民委员会通知,将青岛卫生检疫所交由青岛市卫生局代管。
1985年,经烟台卫生检疫所与烟台港务局共同努力,卫生部、交通部授予烟台港“无鼠害港口”称号,成为全国第一批“国家级卫生港口”。
1986年,新中国成立后美国海军太平洋舰队首次访问青岛,青岛卫生检疫所成立专门检疫小组对其实施入境检疫。
1987年,《中华人民共和国国境卫生检疫法》实施。
1988年,青岛卫生检疫所指导山东国际海运公司创建全国第一支“卫生船队”。
1991年9月4日,青岛卫生检疫所更名为“中华人民共和国青岛卫生检疫局”。
1994年,济南卫生检疫局发现扩建中的济南机场自备水源水质不达标,市政府采纳检疫部门意见,投资1000多万元铺设管道由自来水厂引进水源,消除卫生隐患。
1999年,山东出入境检验检疫局成立。
2001年,国家质量监督检验检疫总局成立。
2003年,山东省委省政府授予山东检验检疫局“全省防治非典型肺炎工作先进集体”称号。
2008年4月,济南机场顺利通过世界卫生组织专家组实地测评,成为全国第八个、山东省首个国际卫生机场;5月,山东局先后派出3支工作队赴四川开展抗震救灾防疫工作,评为“抗震救灾先进集体”;8月,顺利完成奥运安保工作,评为“全国质检系统奥运保障工作先进单位”。
2009年,甲型H1N1流感防控期间,全省口岸检出发热病人450人,确诊甲流19例,评为“防控甲流疫情工作先进单位”。
2010年,烟台局机场办首次在口岸捕获的褐家鼠中检出流行性出血热病毒阳性。
2011年,山东卫生检疫部门积极采取有效措施应对日本核泄漏事件。
2012年,7个口岸顺利通过国家质检总局考核验收,成为首批世界卫生组织口岸核心能力达标口岸。
2013年,10个口岸通过国家质检总局考核验收,成为世界卫生组织口岸核心能力达标口岸;人感染H7N9禽流感防控期间,口岸检出有传染病症状者207人次,确诊传染病28例;黄岛口岸全国首次检出进口货物中子超标。