1998年
3月,国务院下发机构设置有关文件,中华人民共和国进出口商品检验局、中华人民共和国进出境动植物检疫局、中华人民共和国卫生检疫局机构(简称“三检”)合并成立中华人民共和国出入境检验检疫局(简称国家检验检疫局),归属海关总署。
6月2日,按国家检验检疫局党组《关于各地商检、动植检、卫检局设立临时协调小组的通知》,深圳“三检”临时协调小组正式成立。
1999年
2月1日至5月15日,深圳“三检”首先在皇岗口岸实施“一次报检、一次抽(采)样、一次检验检疫、一次卫生除害处理、一次计收费、一次出证放行”的“六个一”工程试点。国家检验检疫局对皇岗口岸“六个一”工程试点工作给予了高度评价。
8月10日,原深圳卫生检疫局、深圳动植物检疫局和深圳进出口商品检验局合并组建的“中华人民共和国深圳出入境检验检疫局”正式挂牌成立,为国家出入境检验检疫局的直属机构,正厅级,实行由国家出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制。
10月,国家检验检疫局批复《中华人民共和国深圳出入境检验检疫局机构组建方案》,明确深圳检验检疫局内设机构、分支局及事业单位的设置,并下达了行政编制和事业编制。深圳检验检疫局内设17个机关处室,下属蛇口、皇岗、文锦渡、罗湖、沙头角、盐田、宝安、龙岗、笋岗、机场10个分支局和动植物和食品检验检疫技术中心、工业品检测技术中心、玩具检测技术中心、深圳国际旅行卫生保健中心、深圳鹏程认证中心(中国进出口商品质量认证中心深圳评审中心)、机关服务中心6个事业单位。截至年底,深圳检验检疫局编制人数1696人,实有人数1676人。
11月28日,深圳检验检疫局内设处室、分支局和事业单位的领导班子组建完成,分支局专职纪检负责人的任命工作也相继完成。深圳检验检疫局下属10个分支局同时挂牌成立,并正式以出入境检验检疫局的名义对外办公。
2000年
1月1日,深圳检验检疫局在深圳口岸全面实行“六个一”运作模式,并率先开始“先报检、后报关”通关模式,当天,工作人员着新制服上岗。
3月,经过近4个月调整,深圳检验检疫局及分支机构各单位、各部门科级干部经考核后陆续到位,深圳“三检”机构改革工作基本完成。
4月10日,深圳检验检疫局出台《深圳出入境检验检疫业务管理规定》、《深圳出入境检验检疫局业务分工管理规定》文件,明确了业务处、分支局、检测中心“三大块”业务分工和职责,基本理顺了业务关系,为深圳检验检疫局业务运行的规范奠定了坚实基础。
2001年
4月,国家质量监督检验检疫总局(简称国家质检总局)挂牌成立,为国务院直属机构。深圳检验检疫局为国家质检总局直属机构,正局级。
2002年
3月,深圳检验检疫局召开动植物检验检疫与食品安全工作会议,总结深圳检验检疫局全面落实“三大块”检验检疫管理模式的经验。至此,深圳检验检疫局“三大块”的业务管理模式全面推行。
2003年
1月27日零时,皇岗口岸旅检通道正式启动24小时通关。同日,深圳检验检疫局在皇岗开展24小时检验检疫通关业务。
8月14日,全国检验检疫“大通关”工作会议在广州、深圳召开,时任中共中央政治局委员、国务院副总理吴仪对深圳检验检疫局积极实施“大通关”制度,开展信息化建设,改革检验检疫监管模式,与海关共同协调完善通关放行制度,在提速、减负、增效和严密监管方面的工作给予了充分肯定。
2004年
6月24日,深圳检验检疫局制定《深圳出入境检验检疫局会计委派实施办法(试行)》,对现行会计监督机制和人员管理体制进行改革和完善。
10月12日,国家质检总局批准罗湖检验检疫局驻邮局办事处、皇岗检验检疫局福田保税区办事处升格为正处级、并设立出口加工区办事处,正处级,均为深圳检验检疫局分支机构。
12月1日,国家质检总局批准设立深圳检验检疫局食品检验检疫技术中心,原深圳检验检疫局动植物与食品检验检疫技术中心更名为深圳检验检疫局动植物检验检疫技术中心,均为深圳检验检疫局直属事业单位。
2005年
4月,深圳检验检疫局综合实验大楼项目定名为“深圳国检大厦”,初步设计及总概算得到国家质检总局批复,该项目建筑总面积65968平方米。
5月18日,深圳检验检疫局按照国家质检总局决定,开始实行分支机构纪检组长派驻和统一管理,各分支机构纪检组长由深圳检验检疫局党组委派,向深圳检验检疫局党组负责,业务接受深圳检验检疫局纪检组领导。
9月23日,经国家质检总局党组批准,深圳检验检疫局在下属各分支局设立党组。
11月21日,覆盖全局52个现场业务工作点、光纤长达200公里、投资3000万元建设的“大集中”信息系统全面完成。
2006年
5月17日,国家质检总局批准设立深圳湾检验检疫局,正处级,隶属深圳检验检疫局。
7月6日,罗湖口岸检验检疫体温视频监控与应急指挥系统启用,在全国率先实现出入境人员体温监测电子化。
8月8日,《深圳检验检疫局分支局内设机构调整方案》公布。该调整是1999年深圳“三检”合一以来的第一次,在质检系统也是首开先河,调整后,分支局科级机构由原来的112个调整为93个。
11月20日,深圳市政府同意设立深圳市检验检疫科学研究院,事业单位,业务协调管理归口深圳检验检疫局。
2007年
1月31日,国家质检总局批准设立深圳市检验检疫协会,挂靠深圳检验检疫局,按社会团体在深圳市民政局注册登记。
3月31日,深圳检验检疫局国检大厦主体结构竣工仪式隆重举行。
4月11日,国家质检总局批准设立深圳检验检疫局华南国际物流中心办事处,正处级。
7月1日,国家主席胡锦涛参加深圳湾口岸开通仪式,亲切慰问检验检疫工作人员,深圳检验检疫局局长刘胜利作工作汇报。当日,深圳湾检验检疫局开检。
8月13日,国家质检总局批准皇岗检验检疫局升格为副厅级机构,内设处级部门8个,隶属深圳检验检疫局。
8月15日,福田口岸正式开通,皇岗检验检疫局旅检二处负责该口岸检验检疫业务。
10月24日,深圳检验检疫局成立局信息中心,为直属事业机构,负责全局信息化建设、系统维护、技术保障和科研、培训、技术服务等。
2008年
7月8日,国家副主席习近平在深圳湾口岸亲切慰问检验检疫工作人员。
8月25日,国家质检总局批复同意深圳鹏程认证中心更名为深圳检验检疫局信息中心,为深圳检验检疫局直属事业单位,承担信息化开发、建设、运行和维护工作。
11月16日,中共中央政治局常委贺国强视察深圳湾口岸,了解了红外热成像体温监测系统的功能特性。
12月5日,深圳检验检疫局成立会计核算中心,隶属深圳检验检疫局,负责深圳检验检疫局事业单位、社会团体和经济实体的财务管理工作。
2009年
9月10日,国家质检总局批准设立大铲湾检验检疫局,正处级,隶属深圳检验检疫局。
11月,深圳检验检疫局在陆路口岸全面启用检验检疫电子通道系统,对1.5万辆小车和1万多辆货车安装了车载卡,并正式实行了电子化监管,从而实现出入境车辆及货物的快进快出、大进大出。这是陆路口岸检验检疫通关管理水平的大飞跃,是陆路口岸检验检疫业务运作方式和管理模式的重大变革。
2010年
1月25~26日,全国质检系统外事工作会议在深圳召开。
6月17日,国家质检总局批复同意设立深圳检验检疫局光明新区办事处,正处级。
8月9~10日,国家质检总局陆路口岸电子通道等应用系统推广培训会在深召开,全国各直属检验检疫局代表现场学习并实地参观深圳检验检疫局自主研发的陆路口岸电子通道等七个系统。
8月9日,深圳检验检疫局国检大厦正式启用。
8月21日,国务院总理温家宝视察深圳湾口岸,亲切慰问了深圳检验检疫局工作人员,并与深圳检验检疫局方队合影留念。
11月17日,中共中央政治局委员、国务院副总理回良玉视察深圳湾口岸,亲切慰问口岸各联检单位。
截至11月,深圳检验检疫局共有机构47个,其中内设机关处室20个,分支局12个,办事处5个,直属、挂靠单位10个。