1983年,北京卫生检疫所代表卫生部与世界卫生组织联合举办“国际旅行卫生讲习班”,首次将旅行医学学科引入我国,建成国内首个国际旅行医学研究室。
1986年,中央爱卫会授予首都机场为全国第一个“无鼠害机场”称号,北京卫生检疫所建成全国首个媒介生物、啮齿动物标本实验室;
2001年11月,北京检验检疫局首次从加纳归国人员中检测出一例1+2型HIV混合感染病例;
2003年,北京检验检疫局在首都机场航站楼内建成全系统首个负压隔离室,率先在首都机场安装快速检测体温识别系统;
2004年,北京检验检疫局率先在国境口岸饮食服务性行业实施HACCP体系认证,率先对餐饮及公共场所实行卫生监督协管员管理;
2005年,首次提出“统一申报、分类管理、重点查验、有效监管”航空器检疫监管理念,并立项开发“航空器电子监管系统”;
2006年3月,医学媒介生物实验室成为系统内首个通过实验室认可和计量认证的医学媒介类实验室;
2007年首创“政府+认证机构+消费者+企业”的四方食品生产企业卫生监督监管模式;首次开发完成“航空器电子监管系统”,首次建立航空公司会商管理模式;率先和地方卫生部门合作,将口岸传染病监测信息纳入中国疾病预防控制报告系统;
2008年在首都机场口岸购置并启用系统内第一辆口岸食品安全快速检测车;
2009年,在首都机场口岸捕获一只雌性蠓类,经军事医学科学院媒介生物学专家虞以新教授鉴定,确认为我国境内首次发现;
2010年,成功创建了国内首个口岸A级餐饮区;
2011年,首次实施入境人员分类检疫管理,将入境人员分为11类;
2012年,率先开展口岸职工食堂A级信誉资质评定工作,并首次开展公务机微小气候动态监测;
2013年在来自非洲入境旅客携带物中首次截获蜱虫Amblyommacompressum。