1911年,清政府关务处税务司在深圳大铲岛设立“粤海防疫大铲厂界碑”,广东深圳国境卫生检疫工作从此开始。
1951年8月,罗湖口岸对外开放,深圳交通检疫分所成立并开展国境卫生检疫工作。
1952年12月,文锦渡开放边民过境耕种,深圳交通检疫分所负责过境边民的卫生检疫工作。
1953年,在入境旅客中检出麻风病22例,均劝阻入境。
1957年12月,《中华人民共和国国境卫生检疫条例》颁布,将鼠疫、天花、霍乱、黄热病、斑疹伤寒和回归热列为检疫传染病。
1958年5月,深圳交通检疫分所更名为“中华人民共和国深圳卫生检疫站”。
1961年8月,香港、澳门发生霍乱流行。深圳卫生检疫站严格执行原卫生部要求,对入境的香港、澳门旅客实施查验,严格核查霍乱预防接种证书。
1963年1月,“深圳卫生检疫站”更名为“深圳卫生检疫所”。
1966年5月,在入境旅客中发现首例霍乱患者。
1978年11月,文锦渡口岸汽车货运对外开放,深圳卫生检疫所开展汽车货运卫生检疫工作。
1980年,卫生部批准设立深圳卫生检疫所蛇口卫生检疫站。深圳正式开展船舶卫生检疫工作。
1982年,广东省人民政府批复同意深圳卫生检疫所升级为正处级建制。
1987年5月,深圳卫生检疫所在全国率先开展邮包卫生检疫及正式开展货运列车卫生检疫工作。
1988年7月,深圳卫生检疫所开展对废旧物品的审批工作,对规定的特殊物品实施卫生管理,建立申报审批制度。
1989年5月,深圳卫生检疫所从两份进口丙种球蛋白样品中检出HIV抗体阳性。中央电视台等媒体作了专门报道。
1989年10月,蛇口港通过原卫生部、交通部国家级验收,授予“无鼠害港”称号。
1990年2月,国务委员李铁映视察深圳皇岗卫生检疫所,亲笔题词:“国门第一哨”。
1991年1月,深圳卫生检疫所加挂“中华人民共和国进口食品监督检验所”牌子,正式接管深圳进口食品卫生监督检验工作;9月,深圳卫生检疫所更名为“中华人民共和国深圳卫生检疫局”;12月,深圳卫生检疫局设立深圳市第一个艾滋病咨询门诊,并接受艾滋病门诊体检。
1993年3月,深圳卫生检疫局负责的“中国卫检盐田病媒生物研究中心”举行奠基仪式,原卫生部副部长何界生出席仪式。
1999年,深圳出入境检验检疫局成立。
2000年,深圳宝安国际机场成功创建全球首家国际卫生机场。
2001年,国家质量监督检验检疫总局成立。
2003年,广东省委省政府授予深圳检验检疫局“全省防治非典型肺炎工作先进集体”称号;获批质检总局国家级医学媒介生物监测检测重点实验室。
2007年,深圳湾口岸、福田口岸开通,深圳检验检疫局首创国境卫生检疫“一地两检”模式。
2008年3月,深圳检验检疫局医学媒介生物实验室成为全国首家独立通过ISO/IEC 17025质量管理体系认可的医学媒介实验室;4月,盐田港成功创建全球首批国际卫生海港。
2009年,深圳检验检疫局被评为“全国质量监督检验检疫系统抗击甲型H1N1流感疫情应急工作先进单位”,创新应用“6+4+3”旅检口岸传染病排查模式,检疫查验入境人员6113万人次,确诊甲流病例175例,占深圳市报告输入性病例的78%。
2010年,创建国内首个“LNG码头口岸卫生核心能力建设示范区”。
2011年,全力服务保障深圳第26届世界大学生夏季运动会;积极采取有效措施应对“3·11”日本核泄漏事件。
2012年4月,获人力资源和社会保障部、教育部、国家体育总局、解放军总政治部、广东省委省政府等六部委授予“深圳世界大学生运动会先进集体”荣誉;11月,深圳检验检疫局主持编写的《口岸公共卫生与传染病检疫核心能力》由人民卫生出版社出版,总局局长支树平作序;12月,获首届“全国口岸卫生检疫知识竞赛”团体第一名。全年检疫发现有传染病症状13406例,确诊传染病1888例,口岸传染病监测体检检出传染病806例,三项指标居全系统第一。
2013年,深圳11个口岸通过国家质检总局考核验收,成为世界卫生组织口岸核心能力达标口岸;人感染H7N9禽流感防控期间,深圳口岸检疫出入境人员4840万人次,发现有症状旅客3243人,确诊传染病356例,无一例经深圳口岸输入或输出的人感染H7N9禽流感病例。